Η Εκκαθάριση Ποινών, βρίσκεται στο Ισόγειο του Δικαστικού Μεγάρου Κέρκυρας, αντικείμενο του οποίου είναι:
- Η δημοσίευση των δικογραφιών των Ποινικών Δικαστηρίων του Πρωτοδικείου Κέρκυρας,
- Η εκκαθάριση των επιβαλλόμενων χρηματικών ποινών, δικαστικών εξόδων,
- Η βεβαίωση των χρηματικών ποινών που επιβάλλονται στους ερήμην καταδικαζομένους κατηγορουμένους,
- Υποβολή εφέσεων επί των εφέσιμων αποφάσεων του Πρωτοδικείου Κέρκυρας,
- Η διεξαγωγή της σχετικής αλληλογραφίας με τα δημόσια ταμεία,
- Η πληρωμή οδοιπορικών εξόδων και ημερήσιας αποζημίωσης των μαρτύρων των Πλημμελειοδικείων και του Εφετείου Κέρκυρας,
- Η ενημέρωση των σχετικών βιβλίων (ερήμην, τελεδίκων, λιπομαρτυρίες),
- Η έκδοση και χορήγηση Πιστοποιητικού Ενδίκων Μέσων
Το Ποινικό Τμήμα, βρίσκεται στον 1ο όροφο του Δικαστικού Μεγάρου Κέρκυρας, αντικείμενο του οποίου είναι:
Η καθαρογραφή των πρακτικών των ποινικών δικαστηρίων και η διεκπεραίωση αυτών.