Η Εκκαθάριση Ποινών, βρίσκεται στο Ισόγειο του Δικαστικού Μεγάρου Κέρκυρας, αντικείμενο του οποίου είναι:

1. Η δημοσίευση των δικογραφιών των Ποινικών Δικαστηρίων του Πρωτοδικείου Κέρκυρας,
2. Η εκκαθάριση των επιβαλλόμενων χρηματικών ποινών, δικαστικών εξόδων,
3. Η βεβαίωση των χρηματικών ποινών που επιβάλλονται στους ερήμην καταδικαζομένους κατηγο­ρουμένους,
4. Υποβολή εφέσεων επί των εφέσιμων αποφάσεων του Πρωτοδικείου Κέρκυρας,
5. Η διεξαγωγή της σχετικής αλληλογραφίας με τα δημόσια τα­μεία,
6. Η πληρωμή οδοιπορικών εξόδων και ημερήσιας αποζημίωσης των μαρτύρων των Πλημμελειοδικείων και του Εφετείου Κέρκυρας,
7. Η ενημέρωση των σχετικών βιβλίων (ερήμην, τελεδίκων, λιπομαρτυρίες),
8. Η έκδοση και χορήγηση Πιστοποιητικού Ενδίκων Μέσων

Το Ποινικό Τμήμα, βρίσκεται στον 1ο όροφο του Δικαστικού Μεγάρου Κέρκυρας, αντικείμενο του οποίου είναι:

Η καθαρογραφή των πρακτικών των ποινικών δικαστηρίων και η διεκπεραίωση αυτών.